Федеральная служба по контролю за оборотом наркотиков получила свои эмблему и флаг согласно Указу президента РФ от 31 декабря 2004 года №1638 "О геральдическом знаке - эмблеме и флаге Федеральной службы Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков".

Согласно официальному описанию флаг службы:

"Тёмно-синее прямоугольное полотнище с Государственным флагом Российской Федерации в крыже. В правой половине полотнища, ближе к его нижнему краю, - эмблема Федеральной службы Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков. Отношение ширины флага к его длине - один к полутора. Отношение площади крыжа к площади флага - один к четырем. Отношение высоты эмблемы к ширине флага - один к двум".

Описание геральдического знака - эмблемы службы:

"Золотой, увенчанный короной с лентами двуглавый орел с поднятыми вверх распущенными крыльями. Грудь орла прикрыта фигурным, заостренным книзу щитом вишневого цвета, который орел держит лапами. В поле щита - золотая извивающаяся змея, пронзенная сверху вниз мечом с золотой рукоятью. Щит окован сталью".